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    基于SNP芯片监测通城猪的保种效果

    袁娇  徐国强  周翔  徐三平  李胜  黎望明  刘榜  
    【摘要】:旨在基于SNP芯片信息分析通城猪保种群的群体结构和遗传多样性,对保种效果进行监测。本研究利用“中芯一号”50K SNP芯片对68头通城猪的全基因组SNP进行扫描,通过以下两方面评估保种效果:1)群体结构。通过群体分层、遗传距离、亲缘关系以及公猪基因组家系等分析,研究通城猪个体间的群体结构;2)遗传多样性。估算等位基因频率、有效等位基因数、多态信息含量、多态性标记比例、杂合度、核苷酸多样性等多态性和杂合性相关参数估计遗传多样性,分析有效群体含量和连续性纯合片段(runs of homozygosity,ROH),综合评估保种效果。结果显示:1)保种群无明显分层,遗传距离为0.27,亲缘系数为0.17;2)基因组等位基因频率为0.77,有效等位基因数为1.52,多态信息含量均值为0.31,多态性标记比例为88.28%,观测杂合度为0.32,期望杂合度为0.31,20世代前通城猪有效群体含量为105头,当前世代有效群体含量为94头,ROH共计有184个,平均ROH长度为23.71 Mb,其中28.80%的长度在15~20 Mb之间,基因组近交系数为0.04%,具较低水平的近交程度。通城猪保种群是一个没有分层的纯种群体,具有丰富的遗传多样性,得到了有效?;?。
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